Была такая же проблема. Есть А1200 и ни одной дискеты и т.д.
1 - Мешался не затертый RDB. Устранил в программе Victoria. Установив параметр Erase. (процента 2 начальных секторов мне затерло нулями, больше не нужно, потому что долго будет).
Жесткий стал без проблем работать с WinUAE
2 - Поскольку HDD был 40 Гб. и у меня отдельно была установлена AmiKIT сборка (не на этот жесткий диск, так сказать работал из под неё), в ней же есть свежий HDToolsBox (в его параметрах кстати ненужно ничего прописывать), который позволил мне разметить винт. Первый Раздел не больше 2Гб делал. Но была проблема диски из под сборки AmiKIT не форматировались.
3 - Выкинул из загрузки сборку AmiKIT (не меняя стандартной конфигурации). Подгрузил образ дискеты Workbench3.1Install, что дало возможность отформатировать Первый раздел жесткого диска.
4 - Собственно проинсталлировал туда ось. Брал сборку WB. Добавил туда IDEFIX дистрибутивов и OS3.9 дистрибутив (тут уже выбор кому что нравится).
5 - Подключаем к амиге и всё работает. (При рабочем дисководе уже можно создавать реальные дискеты и от них плясать по новой, если есть желание)
6 - Доустанавливаем необходимые приблуды (OS 3.9 или IDE FIX), затем форматируем оставшиеся большие разделы
